Puskesmas Pegandan secara geografis berada di bagian selatan Kota Semarang. Luas Wilayah Puskesmas Pegandan adalah ±227 m2 dan luas bangunan ±350 m2. Puskesmas Pegandan merupakan satu satunya Puskesmas Induk non perawatan di Kecamatan Gajahmungkur. Dalam menjalankan peran dan fungsi sebagai Puskesmas Induk, Puskesmas Pegandan mempunyai 1 (satu) puskesmas pembantu, yaitu Puskesmas Pembantu Gajahmungkur yang berada di Jalan Cikurai RT 4 RW 3 Kelurahan Gajahmungkur.
Secara administrasi wilayah kerja Puskesmas Pegandan berbatasan dengan:
Puskesmas Pegandan menempati lokasi di jalan Lamongan no. 02 Kecamatan Gajahmungkur dengan luas wilayah kerja 765,104 Ha. Secara administratif wilayah kerja Puskesmas Pegandan meliputi 8 (delapan) kelurahan, yaitu: Kelurahan Sampangan, Bendan Ngisor, Bendan Duwur, Gajahmungkur, Lempongsari, Petompon, Bendungan dan Karangrejo.