Puskesmas Pegandan secara geografis berada di bagian selatan Kota Semarang. Luas Wilayah Puskesmas Pegandan adalah ±227 m2 dan luas bangunan ±350 m2. Puskesmas Pegandan merupakan satu satunya Puskesmas Induk non perawatan di Kecamatan Gajahmungkur. Dalam menjalankan peran dan fungsi sebagai Puskesmas Induk, Puskesmas Pegandan mempunyai 1 (satu) puskesmas pembantu, yaitu Puskesmas Pembantu Gajahmungkur yang berada di Jalan Cikurai RT 4 RW 3 Kelurahan Gajahmungkur.